Dificultades en la detección de genomas del nuevo coronavirus 2 (SARS CoV-2) / Pandemic and social inequiality: the popular neighborhoods of the Buenos Aires suburbs in preventive social isolation

RESUMEN El manejo de las infecciones virales respiratorias, tanto a nivel nacional como a nivel mundial, requiere resultados científicos de calidad. La reacción en cadena de la polimerasa de transcriptasa inversa (rRT-PCR, por su sigla en inglés) es considerada el "patrón de oro" para detectar el genoma del nuevo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), agente causal de la enfermedad por el nuevo coronavirus (COVID-19) sobre todo en la fase aguda de la infección. Su uso es controvertido fuera de un contexto de exposición viral. El objetivo del presente trabajo es analizar escollos encontrados durante la detección del genoma del SARS-CoV-2 que pueden producir resultados falsos. Los falsos negativos de rRT-PCR pueden deberse al momento y la eficacia de la toma de la muestra, la congelación, el almacenamiento y la descongelación, y a la inactivación térmica de la virulencia. Además, las señales retardadas de los controles internos invalidan la negatividad. Por otra parte, las muestras con escaso material biológico llevan a conclusiones negativas falsas, por lo que determinar un umbral (número mínimo de células epiteliales) contribuirá a reducirlas. Sin embargo, la mayoría de los kits detectan ADN humano, pero no fueron calibrados para cuantificar carga celular. Los ácidos ribonucleicos nucleares (ARN) virales adheridos a guantes, tubos y gorros, -entre otros elementos-, son fuente de falsos positivos. Las farmacopeas sugieren que la contaminación externa se controle en series de 100 muestras con al menos una representatividad del 10%. Si se extrapola esta aproximación al laboratorio de análisis clínicos, en lugar de uno se deberían procesar al menos 10 controles negativos contiguos a 10 positivos cada 100 pruebas. Mejorar la detección por rRT-PCR implica un aumento de al menos 20% en el costo de los reactivos, por lo que se necesitan recursos adicionales.

ABSTRACT Emerging respiratory viral infections like the severe coronavirus disease (CoVID 19) caused by novel coronavirus 2 (SARS-CoV-2) require quality results for science-based responses. The reverse transcriptase polymerase chain reaction (rRT-PCR) is considered the gold standard for detecting SARS-CoV-2 (particularly in the acute phase of infection). The aim of the present work was to analyze pitfalls during the search of viral genomes. False negative conclusions are result of sampling timing, performances of swabbing, storage, and thawing and heat-infectivity inactivation. Samples with low biologic material also lead to false negatives. Qualitative controls to detect the presence of human DNA are available in several kits but they were not calibrated for quantification of human cell loads. Moreover, negativity cannot be reported for samples with delayed signals for the internal control (due to deficiency in extraction and/or retro transcription and/or or to the presence of rRT-PCR inhibitors). The viral RNA that may have stick on gloves, on tubes, caps, etc. may produce false positives. The International Pharmacopoeias recommend for external contamination to test at least 10% of the samples. Couples of 10 negative contiguous to 10 positive controls randomly distributed should be therefore included in each series of 100 rRT-PCR tests. These improvements increase the cost of each determination (at least by 20% only for the reactants) and require additional resources.

Dificultades en la detección de genomas del Nuevo Coronavirus 2 (SARS COV-2) / SARS Coronavirus 2 (SARS CoV 2) genome detection pitfalls

El manejo de las infecciones virales respiratorias, tanto a nivel nacional como a nivel mundial, requiere resultados científicos de calidad. La reacción en cadena de la polimerasa de transcriptasa inversa (rRT-PCR, por su sigla en inglés) es considerada el "patrón de oro" para detectar el genoma del nuevo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), agente causal de la enfermedad por el nuevo coronavirus (COVID-19) sobre todo en la fase aguda de la infección. Su uso es controvertido fuera de un contexto de exposición viral. El objetivo del presente trabajo es analizar escollos encontrados durante la detección del genoma del SARS-CoV-2 que pueden producir resultados falsos. Los falsos negativos de rRT-PCR pueden deberse al momento y la eficacia de la toma de la muestra, la congelación, el almacenamiento y la descongelación, y a la inactivación térmica de la virulencia. Además, las señales retardadas de los controles internos invalidan la negatividad. Por otra parte, las muestras con escaso material biológico llevan a conclusiones negativas falsas, por lo que determinar un umbral (número mínimo de células epiteliales) contribuirá a reducirlas. Sin embargo, la mayoría de los kits detectan ADN humano, pero no fueron calibrados para cuantificar carga celular. Los ácidos ribonucleicos nucleares (ARN) virales adheridos a guantes, tubos y gorros, -entre otros elementos-, son fuente de falsos positivos. Las farmacopeas sugieren que la contaminación externa se controle en series de 100 muestras con al menos una representatividad del 10%. Si se extrapola esta aproximación al laboratorio de análisis clínicos, en lugar de uno se deberían procesar al menos 10 controles negativos contiguos a 10 positivos cada 100 pruebas. Mejorar la detección por rRT-PCR implica un aumento de al menos 20% en el costo de los reactivos, por lo que se necesitan recursos adicionales.

Tuberculosis peritoneal. Caso clínico diagnosticado por laparoscopia / Peritoneal tuberculosis. Use of laparoscopy in the diagnosis

RESUMEN Se presenta el caso de un paciente diabético de 55 años de edad internado en la sala de Medicina Interna del Hospital Pablo Arturo Suárez de Quito - Ecuador, que acude con un síndrome febril de 8 días de evolución que se prolongó durante la hospitalización a más de 35 días sin causa o foco aparente, a pesar del tratamiento antipirético, acompañado de dolor abdominal difuso, pérdida de peso (aproximadamente 8 kg en 3 meses) y ascitis. Se investigó las posibles etiologías, incluyendo pruebas de alta sensibilidad y especificidad para tuberculosis como (Cuantiferon GOLD Tb), adenosina deaminasa (ADA), que resultó falsa-negativa. El diagnóstico se confirmó mediante biopsia peritoneal de una muestra obtenida por laparoscopia exploratoria como último recurso diagnóstico. La tuberculosis peritoneal es una enfermedad que ocurre por la reactivación de los focos tuberculosos latentes en el peritoneo, debido a la diseminación hematógena, linfática o por contigüidad a un foco primario; más del 90% de los pacientes tienen ascitis en el momento de la presentación y un 10% presenta una fase "seca" más avanzada con un abdomen "pastoso" (es una forma de enfermedad fibroadhesiva).Palabras claves: tuberculosis peritoneal, ascitis, síndrome febril prolongado, biopsia peritoneal, falsos negativos en pruebas diagnósticas de tuberculosis

ABSTRACT The case of a diabetic patient of 55 years of age is presented in the internal medical room of Pablo Arturo Suarez Hospital of Quito - Ecuador, the same comes with a febril syndrome of 8 days of evolution that prolonged during the hospitalization to more of 35 days without cause or apparent focus despite the antipyretic treatment, accompanied by diffuse abdominal pain, weight loss and ascitis, where the possible etiologies were investigated, including tests of high sensitivity and specificity for tuberculosis as (quantiferon), resulting false negative, confirming the diagnosis through peritoneal biopsy of a sample obtained by exploratory laparoscopy as a last diagnostic resource. Peritoneal tuberculosis is a disease that occurs by the reactivation of latent tuberculosous focus in the peritoneum, established by hematogen, lymphatic or contiguous dissemination of a primary focus, where more than 90% of patients have ascitis at the time of presentation, and a 10% present a more advanced "dry" phase with a "pastoso" abdomen, representing a form of fibroadhesive disease.Keywords:peritoneal tuberculosis, ascites, prolonged febrile syndrome peritoneal biopsy, false negatives in diagnostic tests for tuberculosis.

Exactitud del diagnóstico neuropsicológico: Factores que pueden conducir a un diagnóstico incorrecto y cómo evitarlos / Neuropsychological Diagnostic Accuracy: Factors That Might Lead to a Wrong Diagnosis and How to Avoid Them

Los falsos positivos y los falsos negativos en la evaluación neuropsicológica pueden ocurrir debido a diferentes razones y pueden tener consecuencias graves tales como la administración de un tratamiento innecesario que puede causar efectos adversos y la incapacidad de proporcionar un tratamiento oportuno a los pacientes. Por lo tanto, es importante saber qué tanto podemos confiar en el diagnóstico. Los resultados de las pruebas son insuficientes para este fin. Como punto de partida, debemos establecer hipótesis sobre la condición del paciente utilizando la información que hemos recopilado de varias fuentes. Adicionalmente, es necesario utilizar información sobre las propiedades psicométricas de las pruebas, los valores predictivos y las tasas base de los trastornos neurocognitivos y de las puntuaciones bajas. En ausencia de esta información, la interpretación de los resultados debe ser cautelosa. En este artículo se discuten varias estrategias que pueden contribuir a mejorar la precisión diagnóstica.

False positives and false negatives in neuropsychological assessment can occur due to different reasons and they could have serious consequences such as the administration of an unnecessary treatment that may cause adverse effects and failure to provide timely treatment to patients. Therefore, it is important to know how confident we can be in the diagnosis. Tests scores are insufficient to this end. As a starting point, we need to establish hypotheses about the patient's condition using the information we have collected from several sources. We also need to use information about the psychometric properties of the tests, predictive values and base rates of neurocognitive disorders and low scores. Whenever this information is lacking the interpretation of performance should be cautious. Several strategies are discussed that may contribute to improve diagnostic accuracy

Resultados falsos negativos transoperatorios en los ganglios centinelas de cáncer de mama, asociación con las características histológicas del tumor en el Departamento de Patología del Hospital México / Intraoperative false negative results in sentinel nodes of breast cancer, association with the histological characteristics of the tumor in the Department of Pathology of Hospital México

Resumen:El carcinoma de mama representó el tumor en mujeres más frecuente en Costa Rica para el año 2013. La disección axilar en el cáncer de mama es una de las causas de mayor comorbilidad en las pacientes. La realización de un ganglio centinela para determinar si es necesario la disección axilar, ha resultado de gran ayuda, reduciendo las comorbilidades en las pacientes con cáncer de mama. La experiencia del cirujano en la realización de procedimiento y del patólogo, han reducido los falsos negativos en los ganglios centinelas por congelación hasta en un 4.5%.En este estudio se analizaron los ganglios centinelas por congelación que contaban con biopsia definitiva y se determinó que los falsos negativos para nuestro hospital eran del 1.2%, además en estos casos, se determinó la media de tipo histológico, el grado histológico y el tamaño del cáncer de mama. En conclusión, se determinó que una de las casusas principales asociadas a los falsos negativos es la presencia de tejido adiposo en el ganglio centinela.

AbstractBreast carcinoma represented de most frequent tumor in Costa Rica during 2013. The axillary dissection in pacients with breast cancer is one of the causes of the most frecuent comorbidity. Studying sentinel ganglion to decide if it is necesary to make an axillary dissection has become very useful in reducing comorbidity in pacients with breast cancer. The surgeon´s and de pathologist´s work experience with this procedure has reduced false positive results in the sentinel ganglion´s biopsies by frezzing method in 4,5%. During the current report the sentinel ganglions by freezing method that had a definite biopsy were studied and we arrived to the conclusion that for our hospital falsepositives were less than 1,2%. As well in this cases it was determined the histologic type, the histologic grade and the size of the breast cancer. In conclusion it was determined that one of the most frecuent causes associated with false positives is the presence of adipose tissue in the sentinel ganglion.

Hallazgos patológicos en 100 biopsias prostáticas por punción y diagnóstico original de benignidad / Histological findings in 100 NEEDLE prostatic biopsies and original diagnosis of benignity

Introduction. Detailed revision of prostate biopsies with benign alterations may show potentially malignant lesions limited to isolated fields, which may be overviewed in routine analysis. Aim. To exam the morphological alterations in patients with suspicious of prostatic carcinoma and benign diagnosis in needle biopsies. Materials and methods. During 2000-2001, one hundred consecutive patients with first prostate biopsy diagnosed as benign were included. Biopsies were performed by sextants or modified sextants technique. Slides were reviewed by two observers with knowledge of original diagnosis and this was accepted or modified in accordance to the findings found during the review. Results. Patients age ranged between 57 and 79 years old. Nine per cent of biopsies originally diagnosed as benign revealed different potentially malignant lesions, which should be noted due to possible association with carcinoma. In this group, there were five biopsies with atypical small acinar proliferation, three with few isolated glands with xanthomatous cytoplasm, and one with scarce atypical cells in the prostatic stroma. In contrast with Caucasian and Afro-American population, frequency of high grade intraepithelial neoplasia in needle biopsy seems to be very low and this lesion was not found in any of the 100 biopsies reviewed. Some lesions that simulate carcinoma, as atypical basal cell hyperplasia, post-atrophic hyperplasia, and adenosis were diagnosed as benign, and there was none false positive result. Conclusions. A small but significant group of the biopsies originally diagnosed as benign lesions, showed atypical lesions in isolated fields that were overlooked in the routine analysis. It is necessary the urologist to ask for a directed review of the biopsies if clinical and laboratory data strongly suggest prostatic carcinoma. Additional histological cuts, immunohistochemical studies and more than one observer may increase the frequency of detection of potentially malignant lesions.

Introducción. La revisión detallada de las biopsias prostáticas consideradas benignas, en ocasiones puede mostrar cambios histológicos con potencial maligno limitadas a campos aislados, que pueden ser pasadas por alto en la interpretación rutinaria. Objetivo. Examinar las alteraciones morfológicas en pacientes con sospecha de carcinoma prostático con diagnóstico de benignidad en biopsias prostáticas por punción. Material y métodos. En el periodo 2000-2001 se incluyeron 100 pacientes consecutivos cuya primera biopsia se interpretó como benigna. Las biopsias fueron por sextantes, o sextantes modificadas. Se revisaron las laminillas por dos observadores con el conocimiento del diagnóstico original y éste se aceptó o modificó de acuerdo con los hallazgos encontrados. Resultados. La edad varió de 57 a 79 años. Nueve de las 100 biopsias diagnosticadas como benignas revelaron alteraciones histológicas potencialmente malignas que debieron anotarse en el reporte de patología por su posible asociación con carcinoma. Éstas incluyeron cinco biopsias con proliferaciones acinares atípicas, tres con glándulas de aspecto xantomatoso en campos aislados y una con escasas células atípicas en el estroma prostático. En contraste con la población caucásica y afroamericana, la frecuencia de neoplasia intraepitelial prostática en biopsias por punción en nuestra población parece ser muy baja y ninguna de las 100 biopsias mostró esta alteración. Algunas lesiones que simulan carcinoma como la hiperplasia atípica de células básales, la hiperplasia postatrófica y la adenosis fueron reconocidas como benignas, y no hubo ningún resultado falso positivo. Conclusiones. Un porcentaje significativo de las biopsias con el diagnóstico original de patología benigna, mostraron en la revisión dirigida lesiones focales que fueron pasadas por alto en la práctica cotidiana, incluidas algunas con potencial maligno. El urólogo debe solicitar una revisión dirigida en búsqueda de lesiones sugestivas de malignidad si los datos clínicos y de laboratorio sugieren fuertemente la posibilidad de carcinoma. En estos casos, los niveles histológicos adicionales, los estudios inmunohistoquímicos y la revisión por más de un observador podrían incrementar la detección de lesiones potencialmente malignas.